Domaine d'activités
Les
techniques de Biologie Moléculaire permettent d'accroître
la sensibilité, la spécificité et la rapidité
des analyses pour la mises en évidence d'agents pathogènes
(1) ou la caractérisation de composants végétaux
(OGM) ou animaux (spéciation des viandes) (2).
(1)
Recherche d'agents pathogènes
La
mise en évidence d'agents pathogènes par P.C.R.
couvre trois secteurs d'activité du Laboratoire :
-
En Santé Animale, dans l'aide
au diagnostic, nous avons développé, dans le cadre
d'un projet de recherche initié par le GDSAA, des méthodes
de détection par PCR et PCR-RFLP des bactéries
acido-lactiques pathogènes en aquaculture (Lactococcus
garvieae, Vagococcus salmoninarum, Carnobacterium piscicola, Streptococcus
iniae...).
Le Laboratoire propose également la détection des
mycoplasmes en aviculture par l'utilisation d'un kit (ADIAGEN)
ou de méthodes développées en interne (palmipèdes).
-
En Hygiène alimentaire, le
secteur de Biologie Moléculaire a mis en place l'utilisation
des kits Probelia, BIORAD (sous validation AFNOR), pour la recherche
dans les denrées alimentaires de Listeria monocytogenes
et des Salmonelles.
-
En Microbiologie des eaux, nous
avons développé et validé en interne une
méthode de détection par PCR des Légionelles
présentes dans les réseaux d'eau chaude et les tours
de réfrigération. Cette méthode interne,
plus sensible que la méthode microbiologique T90-431, présente
le grand avantage de cribler en 24 heures les échantillons
négatifs pour la présence des Legionella preumophila.
Le secteur de Biologie Moléculaire a donc été
précurseur dans ce domaine et a
su répondre au besoin de développer une méthode
rapide pour la détection d'une bactérie d'importance
croissante en terme de Santé publique.
(2)
Caractérisation des composants végétaux ou
animaux
Ce
service propose pour l'instant deux activés principales,
la détection des OGM et la spéciation des viandes
:
-
La détection et la quantification des OGM végétaux
est réalisée dans les aliments pour animaux et les
produits destinés à la consommation humaine.
- La spéciation des viandes ou des produits dérivés
est effectuée dans les aliments pour animaux et les produits
destinés à la consommation humaine.
Moyens disponibles
Personnel
Placé
sous la responsabilité de la Direction, le
secteur de Biologie moléculaire emploie trois techniciennes
formées aux techniques de PCR, l'une spécialisée
en Hygiène alimentaire, l'autre en Santé animale
et la troisième spécialisée en Biotechnologie.
Méthodes
- Equipement
Le
secteur de Biologie Moléculaire emploie soit des kits d'analyse
certifiés (QIAGEN pour l'extraction des acides nucléiques,
ADIAGENE pour les mycoplasmes, SCIL Diagnostic pour la spéciation
des viandes, Probelia- BIORAD pour l'Hygiène alimentaire),
soit des méthodes développées et validées
en interne (bactéries acido-lactiques pathogènes
en aquaculture, Légionelles).
Pour
le broyage et l'échantillonnage des produits destinés
à la détection des OGM ou à la spéciation
des viandes, le Laboratoire Départemental des Landes dispose
d'un concasseur (GM 200, RETSCH) et d'un ultrabroyeur (ZM 100,
RETSCH).
Les
métodes d'analyses reposent sur la PCR en pont final, ou
PCR qualitative ; et la PCR en temps réel, ou PCR quantitative.
Le Laboratoire dispose ainsi de deux thermocycleurs classiques
(9700, APPLED BYOSYSTEMS et Mastercycler Gradient, EPPENDORF)
et d'un thermocycleur quantitatif (ABI Prism 7700, APPLIED BYOSYSTEMS).
Locaux
Conformément
au référentiel du Cofrac, et la norme AFNOR XP V03-020-1
dans le cadre précis de la détection des OGM végétaux,
le Laboratoire dispose de locaux spécifiques pour la réalisations
des analyses par PCR avec une séparation physique des activités
et un respect de la marche en avant du personnel et des échantillons.
Ainsi
l'étape d'échantillonnage et de broyage est réalisée
dans une pièce. Une seconde pièce est dédiée
à la réalisation de l'extraction des acides nucléiques
et à la préparation du “mix” PCR sous
enceinte protectrice. Enfin, l'amplification et l'analyse des
résultats se déroulent dans une troisième
pièce.
Activités de recherche - Formation
Le secteur de Biologie Moléculaire dispose d'une cellule
de Recherche et de Développement capable de mettre au point
des méthodes ponctuelles pour répondre à
des demandes particulières.
Le
GDSAA a par exemple bénéficié récemment
de cette cellule pour le développement d'une méthode
de détection pour PCR-RFLP des bactéries acido-lactiques
pathogènes en aquaculture. Ce travail a fait l'objet d'une
présentation sous forme de poster au congrès de
l'EAFP à Dublin en septembre 2001.
Le
secteur de Biologie Moléculaire accueille également
des étudiants de formations diverses : vétérinaire,
maîtrise, IUT, DUT...
Appuis scientifiques
Le Secteur de Biologie moléculaire bénéficie
du suivi technique et scientifique d'organismes de recherche spécialisés
avec lesquels il entretient des relations privilégiées
: AFSSA de Brest et de Ploufragan, INRA de Jouy-en-Josas et de
Versailles, Instituts Pasteur de Paris et de Lille.
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Appeler
le LD 40
Biologie
moléculaire
Alain MESPLEDE
Tel : 05.58.06.08.08
Fax : 05.58.06.15.47
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